Santo Amaro de la Barra Grande tuvo su apogeo en el siglo XVIII, a causa de la explotación del oro, de los avances de la Capitanía de São Paulo y, por fin, de la instabilidad de la frontera en la región platina. Su configuración actual, de diseño irregular, desparramándose a lo largo del perfil natural del terreno, obedece al proyecto de reforma emprendido en 1714 por el ingeniero militar João Massé, a servicio de la Corona Portuguesa.

El brigadier portugués José da Silva Paes dio continuidad al proyecto de Massé, transformando, en 1742, la casa de la pólvora en capilla dedicada al patrón Santo Amaro. En la cima del cabo rocoso, se construyó un nuevo polvorín con gruesas paredes dobles para mantener la temperatura y la humedad de la pólvora en condiciones ideales. Este ingeniero también proyectó el fuerte auxiliar, Fuerte de Crasto o de la Estacada, situado en área fronteriza, ocupada actualmente por el Museo de Pesca de Santos.