Mapa do Brasil com a divisão em capitanias, c. 1590 (detalhe);
original da Biblioteca da Ajuda, Lisboa, cópia cedida pelo IPHAN, SP

En 1580, Felipe II, rey de España, ascendió al trono portugués, ampliando un vasto imperio que permaneció unido hasta 1640. Piratas y corsarios de reinos enemigos fustigaban los dominios y las rutas comerciales de la corona española, obligándola a fortificar sus ciudades, pueblos y mejoramientos prósperos en las colonias ultramarinas.

En 1584, por orden regia de Felipe II, se construyó en la embocadura del estuario de Santos la Fortaleza de Santo Amaro de la Barra Grande, con proyecto de Giovanni Battista Antonelli, arquitecto militar que acompañaba la escuadra española del Almirante Diogo Flores Valdez. La escuadra, con 16 navíos, tenía por misión patrullar la costa Este del nuevo mundo, al Sur del Ecuador y fortificar el Enclave de Magalhães.